Hlavní cíle projektu jsou následující:

1. analýza výdajů na ochranu životního prostředí vynakládaných z veřejných zdrojů,
2. zhodnocení vyhodnocování efektivnosti stávajících programů v daném období a analýza efektivnosti nejvýznamnějších výdajových programů na ochranu životního prostředí v ČR,
3. návrh obecného postupu hodnocení efektivnosti veřejných výdajů na ochranu životního prostředí,
4. zhodnocení možnosti integrace cílů politik v jednotlivých výdajových programech veřejných zdrojů vynakládaných na opatření ochrany životního prostředí,
5. konkrétní návrhy úprav stávajících programů veřejných podpor v relevantní oblasti včetně úpravy jejich kritérií a podmínek ovlivňujících alokaci veřejných prostředků s cílem zvýšit jejich efektivnost,
6. návrh postupu ex-ante a ex-post hodnocení efektivnosti relevantních výdajových programů v podmínkách ČR.

Projekt se zaměřuje na hodnocení efektivnosti jednoho z nástrojů politiky životního prostředí, jehož podstatou je snaha státu zasahovat do přirozeného fungování trhu a napravit tržní selhání. Východiskem projektu není pouze identifikace různých typů veřejných výdajů, ale i různá povaha hodnocení efektivnosti.

Hlavním výstupem projektu je přehled a zhodnocení metod hodnocení efektivnosti veřejných výdajů a zkušeností v zahraničí a v České republice, návrh obecné metody hodnocení efektivnosti výdajů na ochranu životního prostředí v ČR s využitím ekonomického modelu, sběr sekundárních a primárních dat v pilotním území a aplikace navrženého obecného modelu.