Hlavním cílem bylo vypracovat aktuální kapitoly na vybraná témata socioekonomické analýzy, zpracovat SWOT analýzu a podílet se při návrhu formulování strategie NRP a vytvoření systému prioritních os. Cílem odborníků z IEEP bylo zpracování nebo participace na vytváření kapitol Inovace a znalostní ekonomika, Dostupnost a infrastruktura a Makroekonomická analýza a prognóza. Při zpracování jednotlivých kapitol byl respektován princip partnerství a obsah byl konzultován s dotčenými subjekty z veřejné správy, NNO aj.

V souvislosti s přípravou na nové programovací období politiky hospodářské a sociální soudržnosti Evropské unie 2007–2013 bylo přistoupeno k aktualizaci Národního rozvojového plánu 2004–2006. Tento projekt realizovalo konsorcium čtyř institucí a na zpracování vybraných kapitol se podíleli i odborníci z Institutu pro ekonomickou a ekologickou politiku při Národohospodářské fakultě Vysoké školy ekonomické v Praze. Národní rozvojový plán ČR byl zpracováván jako klíčový podklad pro vytvoření Národního strategického referenčního rámce ČR, který je v současnosti strategickým dokumentem pro vyjednávání s Evropskou komisí o programovacím období 2007–2013. NRP proto slouží jako nosný podkladový materiál pro vyjednávání s Evropskou komisí. Prioritní osy a cíle NRP vycházejí z definované strategie a následně jsou promítnuty do struktury připravených operačních programů v České republice.